2024-03-27

2024.2.19の近況

何だか2月とは思えない暖かい日が続いて、かと思うと急に寒くなったり、体調を維持するのが大変な感じです。10月から始めた早朝ジョギングの成果か、腰回りが「若干」スマートになったような気がする今日この頃です。(2024.2.19)

2024-02-19

2024.1.4の近況

北陸の震災で被害を受けられた方々には、心よりお見舞い申し上げます。

2024年になりました。今年は、年始からいろいろ大変な状況が続いていますが、こういう時はまず落ち着いて、自分の持ち場で、自分のできること、するべきことを粛々と進めることが大事だと思います。今年もよろしくお願いします。(2024.1.4)

2024-01-04

2023.12.29の近況

その他

昨年の終わりにHPに書いた近況ですが、ちょっと今年の抱負でもあります。今年は、機会があれば生物多様性の重要さと保全について、身近なところで話をしたり、自分なりに何らかの活動ができれば、思います。

あ、あと今年はうちのベランダで、湿地帯ビオトープもやってみたいな（セメントの舟は買いました）。

ずっと仕事が途切れることなく、何だかいろいろなことがあった2023年ですが、ようやく年末のような感じになって、少し落ち着いてほっとしています。今年は、学内での講義はもちろん、高校生や中学生を対象に、生物の進化や多様性について講義をする機会があり、特に生物多様性とその意義については、少しでも多くの人に、考える機会を提供するようなかたちでの話をできたらいいな、と思いました。もちろん、自分自身も生物多様性についてもっと理解を深めた上で、ではありますが。(2023.12.29)

「生物多様性の恵み」たち

2023-12-23

GenBankに公開されている魚類ゲノムのファイルを一括でダウンロードする

Genome Shell script メモ

以下は、ほとんど自分用のメモ。
ncbi-genome-downloadなどを使って、NCBI Genomeの魚類ゲノムをまとめてダウンロードしたい場合、"vertebrate_other"を指定すると魚類以外の脊椎動物のゲノムも一緒にダウンロードされてしまうので、ちょっとした工夫が必要になる。

そこで、とりあえず以下のような方法でダウンロードしてみた。

まず、NCBI genomeから、"Actinopteri"（=条鰭類）で検索し、summaryのテキストファイルをダウンロードする。

2. Cyprinodon nevadensis
Cyprinodon nevadensis overview
Kingdom: Eukaryota
Chromosomes: 24
Genome ID: 34521

3. Rhinichthys klamathensis
Rhinichthys klamathensis overview
Kingdom: Eukaryota

Chromosomes:  no data
                
Genome ID: 127495

4. Salvelinus

Kingdom: Eukaryota

Chromosomes:  no data
                
Organelles: 1
Genome ID: 86400

Summaryはこんな感じのファイルなので、不要な結果は除いて、学名の行のみを残す（数字.属名+種小名）。
たとえばこんな感じ。

# 学名の行のみ抽出し、通し番号を削除
grep -E "[0-9]+\. [A-Za-z]+ [a-z]+" genome_result.txt | perl -pe "s/[0-9]+\. //" - > genome_result_splist.txt

このリストを使って、シェルスクリプトでncbi-genome-downloadを1種ずつ実行する。たとえばこんな感じ。

# 231223_ncbi_download.sh
while read species
do
    echo ${species}
    sp2=$(echo "${species}" | sed "s/ /_/g")
    ncbi-genome-download vertebrate_other -s genbank -g "${species}" -R representative -F fasta --output-folder ${sp2} --flat-output
done < genome_result_splist.txt