下田日記

学問もがんばりたいし運動の習慣もつけたい

ゲル精製などなど

こんばんは。

昨日は早めにベッドに入りましたが、今日はいつもの時間に起きてしまいました。よく寝ました。多分10時間くらい寝ました。疲れていたのでしょうか。

 

今日は昨日のつづきをしました。昨日PCR電気泳動を行ったので、得られたバンドの位置のゲルを切り取って精製し、in fusionとトランスフォーメーションをしました。

 

1.ゲル精製

ゲルと遺伝子とが混ざったものを一旦溶かし、試薬やカラムを用いてDNAを取り出します。まず、ゲルの入ったチューブにそれぞれの重さに合った量のNT1を入れ、ヒートブロックにて溶かします。60℃で数分もあれば溶けるので、溶けたことを確認したらボルテックス→遠心します。溶けたゲルはピペットマンでカラム*1+コレクションチューブに移し、遠心機にかけます。廃液を捨て、NT3 Wash bufferを入れて洗いを行います。NT3を入れて遠心×2を行い、最後に何の液も加えない状態で遠心をし、乾燥させます。カラムをコレクションチューブから外し、あらかじめ用意してある1.5mlチューブに移します。Elution bufferを入れ、1分後に遠心機にかけます。最後にカラムを捨て、これでゲルの精製が完了です。

 

2.in fusion

in fusionとは、PCR断片と線状化ベクターの両末端15塩基の相同配列を用いて効率よくクローニングする技術だそうです。まだちゃんと理解できていませんが、特定の塩基配列を利用することでクローニングの効率を上げるみたいな感じでしょうか。気が向いたらちゃんと調べます。

手順としては、insert(今回はゲルの精製物)とvector、DW、infusion mixをPCRチューブに入れ、ピペッティング→遠心をして50℃の機械に30分入れます。in fusionもPCRと同じ装置を用いて行い、同じようにプログラムを組んでボタンを押すだけで温度の調節を行ってくれます。

 

3.トランスフォーメーション

トランスフォーメーションとは、形質転換のことで、細菌(今日は大腸菌)に外部から遺伝子(ここでは、ゲルにより精製された遺伝子)を導入し菌の遺伝的形質を変えることです。

大腸菌とSOC、LBプレートを用いて作業を行います。また、滅菌のためにガスバーナーをつけておく他、大腸菌を撒く際に使用するL字型スプレッダーはエタノールボトルに浸してその都度火で炙って滅菌します。うまくいけば、明日の朝にはコロニーが見れるはずです。

 

以上が今日行った作業です。昨日のプライマー分注に始まり、PCR電気泳動、ゲル精製、in fusionとトランスフォーメーションを新しくならいました。新しいことを教えてもらって実際に手を動かすのは楽しいです。まだ結果がついてこないけど、これからも楽しく実験したいです。

ちなみに、昨日の電気泳動がうまくいかず、合計で3回ずつPCR電気泳動を行いました。ゲル精製以降は全てまとめて行ったのでまだ1回だけです。明日は今日撒いた大腸菌のコロニーがちゃんと見れたら、colony PCRを行います。明日も頑張ります。

 

おやすみなさい。

*1:フィルターがついています

下田出張その4

こんばんは。

つくばから下田に戻りました。下田には、他大からの実習生がたくさんいました。彼らは今週いっぱいいるそうです。わたしもあちら側だったんだなあ、とか思いました。

そういえば、今月から脱ニートしました。今週はいきなりバイト×2があります。1つは家庭教師、もう1つは居酒屋です。塾講と居酒屋なら過去にやったことがあるので、あまり気負わずに頑張ろうと思います。どっちも週1ずつ2時間と5時間入れば、月に3.6万稼げる計算です。これで地方レースに出たり卒業旅行に行ったりできそうです。嬉しい。

 

今日から、届いたプライマーを使っての実験がスタートしました。どこまで書いていいのかわからないので遺伝子の名前は伏せますが、3種類の遺伝子について、プライマーを希釈してPCRにかけて、電気泳動させました。PCRとか電気泳動とかは1年の頃の基礎生ぶりです。復習がてら、手順を書いていきます。実験手法(なんでその溶液を使うのか、なぜそのやり方なのか)を学ぶことも兼ねているので、なるべく細かく書きます。興味が無いひとは読み飛ばしてください。

 

1.プライマーの希釈

届いた粉末のプライマーから、100µm、5μmへと、それぞれ濃度調整を行います。

まずはプライマーを遠心にかけ、ラベルに書かれている分量の10倍のμmのTE*1*2*3を入れていきます。例えば、ラベルに20.3nmolと書かれていたら203µlのTEを入れます。

そしたら過不足なく溶かすために、ボルテックス*4→遠心(スピン)します。これで100μM希釈液の完成です。

次に、5μM希釈液を作ります。先ほどの100μM希釈液を15μlと滅菌DW*5を285μlを、1.5mlチューブに入れます。これも、ボルテックス→スピンします。

完成した希釈液は、-20℃の冷凍庫にて保管します。このプライマーは、次のPCRにて使用します。

 

2.PCR

まずはPCRの反応液を作成します。テンプレート0.1μl、Kod one 5.0µl、5µM希釈のプライマーをF1とR1それぞれ1.0µlずつ、DW 2.9µl、というのが1サンプル当たりの反応液の材料となります。これらをPCRチューブに入れ、最後に攪拌するためにピペッティングすると反応液ができあがります。

Kod oneやテンプレートは通常冷凍庫に保存されているので、解凍させるのに時間がかかります。解凍させている間に、PCRの機械を立ち上げ、プログラムを入力します。基本的には、以下の手順を取ります。

94℃ 2min → ( 98℃ 10sec → 55℃ 30sec → 68℃ 10sec/1Kbp )×35 cycle  → 68℃ 10sec/1Kbp→ 4℃∞(保存)

この手順を取る理由も書く必要がありますが、今日はちょっと面倒臭くなってしまったので元気があったら後で書き足します。

反応液が出来上がり、機械の準備ができたら、チューブを入れてボタンを押すだけでPCRをやってくれます。便利ですね。だいたい1時間ちょっとかかりました。次に行うのが電気泳動です。

 

3.電気泳動

電気泳動を行うために、はじめにゲルを生成します。要は寒天を作ります。アガロースの粉末とTAE*6を三角フラスコに入れ、電子レンジで溶かします。それを型に流し込んで30分ほど放置すれば完成です。電気泳動用のトレーやコーム、ケースに入れるので美味しそうとはなりませんでした。できあがったゲルには泳動のための穴が開いています。

ゲルの準備ができたら、電気泳動槽にセットします。ゲルが被るくらいにTAEを入れ、ゲルの穴をピペッティングで洗ったら、PCR産物のサンプルを少量流し込んでいきます。このとき、もしバンドがうまく出なくてもやり直せるように、できた産物をすこし残しておきます。今日は10µlの反応液を用いたので、2µlは残して、8µlのみを電気泳動に使用しました。

電気泳動を行う際は、左端の穴に指標となるマーカーを流します。これがあることで、出てきたバンドがどのくらいの大きさなのかを目視で確認することができます。穴にサンプルを入れ終わったら、電気泳動をスタートさせます。だいたい30分行うと思います。

泳動が終わったら、使用した部分のみをスパチュラで切り取り、残りは保存しておきます。次に、使用したゲルをSYBR GOLD/SAFEに浸し、シーソーに乗せ一定時間置くことで染色します。染色がうまくいけば、青色トランスイルミネーターと暗幕を用いることでマーカーやバンドを確認することができます。

今日は、3サンプルのうち2サンプルのバンドが確認できず、バンドが見れた方のサンプルでも、目的の大きさでないところが目立っていました。染色が悪いのかと時間を置いたり染色液を新しいものに変えたりしましたが、結果はあまり変わらなかったので、バンドが出なかった2サンプルについては再度、異なるテンプレートも用いてPCRを行いました。ここで、先ほど残しておいた2µlのPCR産物を使用します。

目的のバンドが得られたら、その部分をスパチュラで切り取り、1.5mlチューブに入れてゲルの精製を行います。ゲルの精製は、時間の関係で明日行うことになりました。

 

これでも色々調べながら、がんばって書きました。飽きてしまいました。がんばったので今日はもう良いことにします。

また、わからないことが多くて脚注だらけになっています。高校の頃、化学ではよく赤点を取っていたので、初歩的なことでも脚注がついています。ごめんね。あと、脚注に脚注をつける方法がわかりません。知ってる人いたら教えてください。

 

レース終わって目標を失っていて、生活が乱れそうな気がするので今日も早く寝ようと思います。おやすみなさい。

*1:トリス塩酸緩衝液Tris-HCl buffer (pH 8.0), 1mM EDTA: トリスとその共役酸がどちらも共存した溶液、pHを変化させないために用いる。水や脱イオン水(多くの場合弱酸性)だと、合成DNAの加水分解を引き起こす可能性があるらしい。EDTAとは、エチレンジアミン四酢酸のことで、二価の金属イオンと結合するキレート剤(金属イオンと錯体を形成して金属イオンを安定化させることができる薬剤)であり、DNAやRNAの分解を防ぐ(金属イオン要求性のヌクレアーゼを不活性化)ために用いる

*2:錯体:金属と非金属の原子が結合した構造を持つ化合物

*3:金属イオン要求性のヌクレアーゼ:DNA酵素には、二価金属イオンMg2+やCa2+、Zn2+を必要とするものが多い

*4:振動により溶液を攪拌することができます

*5:蒸留水distilled water

*6:Trisと酢酸acetate、エチレンジアミン四酢酸EDTAからなる緩衝液。緩衝能が低く、短時間の電気泳動に適する。10kbp以上の大きなフラグメントに対し、より高い解像度を得ることができるらしい。

さいのくに

こんばんは。謎の気持ち悪さで眠れないので久々のブログ更新です。

せっかくなので彩の国レースレポを兼ねようと思います。読み手に伝える前の段階として、脳みその中身と記憶を吐き出す回なので、ぐちゃぐちゃで読みづらいです。ちゃんと読む用のやつは後日部ログにあげようと思っていますので、スッキリしたのを読みたい方はそちらをどうぞ。

 

 

昨日6/2に、彩の国トライアスロンのレースがありました。私は、彩の国A(ミドル)に出場しました。当日の悪天候のため、swimが2.25km→1.5km、bikeが70km→57kmにそれぞれ短縮されました。

結果として、swim1.5km→bike57km→run15kmの距離となり、無事完走いたしました。

 

今までのブログに書いていた通り、結構ちゃんとした練習ができていませんでした。過去1練習せずに挑んだレースだったと思います。コンディションの悪さだけでなく、日頃から1人で練習に励むことができていなかったのは紛れもなく私の怠惰が原因です。ごめんなさい。それでも、出場して良かったと思っています。

 

去年、トライアスロン部に入部して初めてのレースが彩の国でした。長い距離が泳げるようになって、バイクもどうにか乗れるようになって、ランはとっても苦手だけど止まらずに5km走れるようになって、みたいな状態で挑み、すごく緊張していたのを覚えています。それと同時に、外で泳ぐ楽しさやレースでの高揚感、みんなの応援や完走したときの達成感を初めて味わって、すごく大きな刺激になったレースでした。

トライアスロンって、楽しいんだ、!?

と、元引きこもり運動嫌い女は思いました。

 

そこから1年が経ちました。私はなりたい自分になれているでしょうか。去年は確実に、目指していたものに成れていた自信があります。でも今年は、、下田で1人でも強く生きて、勉強や研究に励み、身体を動かす習慣をつくって、マリンスポーツをはじめとする色んなものにチャレンジするひと、、、うーん、中々現実はうまくいかないものです。結構、つくばの人間に救われている。チューブで繋がれてたまに栄養をもらって、しばらく下田で1人で過ごして、、の生活。下田で心を擦り減らして、つくばに帰ってきて回復してを繰り返しています。まだ気楽に話せる人は居なくて、そもそも作る努力もしてないのかもしれませんが、うーん…。QOLよ向上を真面目に考えたいです。

 

話をレースに戻します。

破滅的なコンディションで挑んだレースでしたが、練習しなさすぎて逆にあまり緊張していなかったようです。前日から、食欲はありませんでした。これはレースのせいなのか、生活リズムが終わりまくっていたせいなのかわかりません。レース前々日の睡眠時間は2時間。レース当日の行きの車では、睡眠時間の確保に努めました(車運転してもらってるのにごめんなさい)。あとは、ミスが無いようにトランジとか会場に到着してからの流れとかのイメトレをしていました。これは役に立ったと信じています。

会場について、雨上がりの草むらを歩くと既にズボンがびちゃびちゃになって、うわーーと思っていたらハイエースが到着して、積み下ろしが始まりました。気を抜いていたせいか、気付いた時には周りの人はバイクの組み立てを終えて陣地に向かった後でした。口の前に手を動かせと言ってくれたみなさん、ありがとうございました。どちらか一方を動かすと、無意識に片方が止まってしまうみたいで、それを言ってくれてとても助かりました。1人でレース出てたらって想像すると結構やばそうですね。

自転車を組み立てたら陣地に向かって、荷物をおろしてなるべくさっさと受付をしに行きました。市民レースだからか、スプリングの時よりも色々とゆるかった気がします。トランジ割とみんな入れる感じだったし。特に大きなミスをすることもなくトランジに物を置いて、ウェットを着て、試泳に向かいました。

普段(まだ2回だけ)鍋田を泳いでいるせいか、水が暖かく感じました。あと、去年の彩の国の水質?の印象が強烈すぎて、思ったよりも水が綺麗で(透き通っていた)拍子抜けしました。ウェット慣れが圧倒的に足りなかったので、試合の時点で腕?肩?痛いなーと思ってました。水から上がったら整列?してななみちゃん梅木とおしゃべりして、つくトラサポート組からのエールをもらって、レースが始まりました。

 

市民レースなので、位置取り合戦やスタートと同時にダッシュ&ドルフィンスルーで沈められるとかは全く無くて、私も1番外側から比較的のんびり水に入りました。滑るの怖くて…。

swimは、曇り空なこともあって去年よりも感動が少なかったです。去年は、顔を上げる度に青空が見えて、いちいち感動していました。感動していたら、swimが終わっていました。今年は、3周しなくちゃだったので割と長かったです。距離的にはODと同じだったんですけれども。途中、スプリントとODとがごっちゃ混ぜになって、ひたすら人間人間!って感じでした。ぶつかるの嫌いだから外に逸れても人がいる。軽くお腹蹴られてグエってなりました。前の人のドルフィンキック?と呼吸のタイミングがかぶってしまい、水も飲みました。全力で吐き出しました。そんな感じでわちゃわちゃしていたので、波もすごかったです。波に揺られるの結構好きかも。swimで1番楽しかったのは波に乗ることでした。最後はブイを見失わないのを目標に頑張りました。私にしては蛇行の少ないswimだったと思います。成長した?

 

まあこんなもんやろ位のタイムでスイムアップして、相変わらずの鈍臭いトランジを経て、バイクに移りました。サポートの人から、トランジめっちゃ長かったね何分あったの?と言われましたが、約5分でした。レースに出る新入生のみんな、ウェットはスムーズに脱げるようになろうね。私は諦めています。

トランジではヘルメットを付けてからバイクに触れること、風邪ひかないようにバイクジャージを着ること、水を飲み忘れないこと、できれば補給もたべることを意識しました。トランジで一生懸命ウェットを脱ぎながらサポートの子と喋ったりもしました。非常に愉快。こんなのろまなトランジ見せちゃってごめんねー、とか言いながら羊羹を口に放り込んでもぐもぐしたままバイクに跨りました。もぐもぐ、バレていた見たいですね。声が聞こえてきました。

 

バイク、長かったです。57kmで良かった。笑

こんなこと書いたらもっと追い込めって言われそうですが、飽きました。去年は晴れていて景色が段違いに綺麗で、見るもの全てが眩しかったのですが、曇り空と知った景色、そして私は特にバイクが得意なわけでもないので抜かされることはあっても抜くのはゼロ、カーブと曲がり角だけに気をつけて足をぐるぐるしていました。最後まで同じところで座って応援してくれていたサポートの声を糧に、そこで頑張って踏んで30前後出して、坂を下ったあたりからのろのろ漕いでいました。、最初の方は踏めば33とかまで出てましたが、段々、25くらいしか出なくなって行って、最後の方は23とかで悲惨でした。まあでもave25km/hを想定していてその通りの結果だったので、こんなもんだろうなという感じです。一体いつになったらバイクへの恐怖と苦手意識が消えるのでしょうか。レースは平坦で車も居なくて割と安全の保証がされているから、その部分に意識が取られることはあまり無いけど、力と慣れとポジショニングと練習が不足しているままでは巡航20台後半はかなり厳しいです。とは言え向上心もあまり無くて、んーーって感じです。バイクの楽しさに早く気付きたい。ちょっと話が逸れますが、他人が楽しいと感じないものを楽しめるって才能ですよね。そこに喜びを見出せるのはとても幸せなことです。

ロングライドする為には難なく25くらい出せるようにならなきゃらしいので、ぼちぼち頑張りたいとは思います。少しだけ。、

バイクの慣れ不足の話でもう一つ、いまだに片手が離せません。今までODではバイク中に水を飲むことを諦めていて、運良く熱中症にならずに済んでいました(真似しないでください)が、今回は距離もいつもより長いし不安だったので、エイドで一旦降りて水多めにのんで、マグオンを咥えてまた乗りました。一応乗りながらもチャレンジしようとしましたが、やっぱり走りながら片手を離してマグオンを流し込んだりボトルを持ったりするのは難しかったです。なのに、貼り付けていたマグオンが取れかかってぴろぴろしていたのでどうしようかと思いました。2kmくらいに渡って、多分21km/hとかでのろのろ漕ぎながらマグオンをどうにか救出しようと奮闘していました。その頃にはほぼ他のバイクの人は居なかったので、たぶん迷惑はかけなかったと思います。

今回バイクの良かった点は、転ばなかったし転びそうにもならなかったことです。去年の榛名湖では、50km/hくらい出ている下り坂で両足がペダルから離れて死にかけました。転ばなくてよかったーー、あの時転んでたらかなり大怪我をしていたと思います。非ビンディングの方、足は絶対に離さないでくださいね。

バイクの最後の周回では、トラブルがあったらしきひとがすごい勢いで追い抜いて行って、コース独り占めだと思っていた私は多少ビビりました。あと、レースが終わったと思われたのか?バイクコースのど真ん中でお散歩している親子連れがいて、3歳から5歳くらいの子供が歩いていてブレーキかけました。怖かったです。私はのろまだから全然止まれるスピードだったし、どっちも怪我なくてよかった。

あと特筆すべきこととしては、スズメと並走しました。その時わたしは26km/hくらいで漕いでいましたが一瞬で抜かれました。雀って飛ぶの速いんですね。あとは、トンビ?が3羽、かなり低空で戯れるように飛んでいるのが見えました。カッコウも鳴いていました。カラスが地面に覆い被さるようにして座って?いました。今年はうさぎを見ることはありませんでした。そんな感じで、バイクを無事終えました。

 

トランジに入ると、わたし以外の全員分のバイクがあって、こっから15キロか〜と思いながらバイクを置きました。ランのところにいたサポートの皆さんに、頑張れ〜と声援をいただきました。ありがとうございました。私が無事にバイクを終えたことに驚いて(良い意味で)、おめでとう!と言ってくれる人もいました。嬉しい。サポート要項にたくさん褒めてって書いといて良かったです。おかげさまで、ランすごく楽?でした。競技中のメンタルってそこそこパフォーマンスに影響すると思っています。少なくとも私は。

 

当初の目標は、とりあえずランに辿り着くことだったので、いったんランパートに入れたことに満足して、そこからはLSDのつもりで走りました。ずっと走り続けられそうなペースで、落としすぎてもしんどいし長引くだけだから、ということで那覇ラソンの時の6:40-7:30/kmくらいを想定していました。最初は7:00/kmくらいで、後半さすがに垂れはしたものの坂ふくめave7:19/kmだったらしいです。偉い!!

とは言え走るの苦手嫌い人間ですので、どうにか脳みそを騙し続けて走っていました。まずは、マラソンの27km地点からのスタートだと思うようにしたこと。ということはちょうど半分くらで、いわゆる「35kmの壁」にぶち当たることになります。那覇ラソンのときは、クソほどしんどかったです。何度涙を堪えたかわからない。でも、泣いたら呼吸が上がって心拍も上がって余計にキツくなるだけだから、と、下唇を噛み締めてひたすら頑張っていました。脚が重くて痛くて動かなくなって、歩いても、一度歩き出すとまた走り出す時に泣きそうになって、、みたいな、かなりしんどい瞬間がたくさんありました。あれを想像して走っていたので、格段に楽でした。

別の騙し方もしました。彩の国のランコースにはまあまあな坂があります。なので、これは15kmのランパートなのではなく、坂を走って登る練習×6とその繋ぎのジョグだと思うことにしました。だとしたら、2.5kmおきに部員に応援してもらえるので、かなり贅沢な練習です。実際、(わたしは1番最後だったので、スプリント走り終わった人もいて)見たこともない数の部員がランコース上で応援してくれて、嬉し涙が出そうでした。ちゃんと堪えて、目に焼き付けました。そうやって応援してもらえることが本当に幸せで、それだけでここまで走ってきてよかった、と思えました。走馬燈に流れるかもしれないくらい、特別な景色が見れました。

途中から空模様が怪しくなってきて、雨が降り始めました。段々と強くなっていき、雷がなり始めました。正規の時間で?ゴールしていればきっと雨の中はしることは無かっただろうだ思いますが、私は多分30分くらい?それ以上?雨に打たれて走ることになりました。ぬかるんだ泥に滑りそうになったり、水溜まりに足を突っ込むしかなかったり、まあまあ凄かったです。1人で練習とかで雨の中走ることはまず無いので、貴重な体験ということでむしろ楽しんで走りました。どうせ濡れてるから一切躊躇わずに水溜りに飛び込むとかできました。幼い子供に戻った気分。

雨が降り始めてもなお、つくトラの皆さんは毎周応援してくれていました。本当に嬉しかったです。マラソンよりマシだったとは言え、キツくなかったわけでは無いので、お世辞抜きで、みんなの応援が心の支えでした。応援も、雨から荷物を守ってくれたのも、ありがとうございました。

 

ミドルだしあれだけ遅かったので、もちろん私が全体で1番最後にゴールしました。ビリになるメリットは、見知らぬいろんな人たちに応援してもらえることです。スタッフ含め大勢のひとからの声援をいただきました。ちゃんとサングラスを取って、ゴールしました。

完走はかなり厳しいな、と思っていただけに、ゴールの門を潜り抜けられたことがとても嬉しかったです。去年ほどじゃ無いけど久しぶりに達成感を得ることができました。トライアスロン、続けていてよかったです。

 

今回のレースで嬉しかったことがもう一つあります。それは、(たぶん)ランのフォームがかなり改善されて、走っている姿で人を間違えられたことです。ランパートの人間いわく、私は今まで「血の底を這うような走り」をしていたらしいのですが、それに比べると今回のランでは軽快に跳ねて走れていたそうです。ラン15kmの割には比較的楽だったのも、そのおかげかもしれません。効率の良い身体の使い方、走りに近付けているのかな。だとしたら、まだまだ楽になれる伸び代はある。これからもジョグして行きたいです。そのためには目標が必要なので、適当なマラソンに申し込もうと思います。

 

全体として、マラソンよりは楽でした。マラソンはずっと同じ筋肉を使うし、1種目だから、飽きと偏った疲労が大きいのかもしれません。これは私の場合に限ると思いますが、フルマラソンを経験していなければミドル走りきれていなかったような気もします。

 

今回(も)無謀なチャレンジでした。何事も挑戦してみて、結果はその後に考えれば良いやと思っています。死ぬわけじゃないし。真面目にタイムをあげようとやっていない私には、取り組むのにベストなタイミングなんて無くて、研究室とか就活とか、そういう事情的にもやるなら今しかありません。これからも、無理かもみたいなことでも臆さず自分のペースで歩み続けられたらいいなと思います。せっかく、帰宅部(文化部?)から、憧れの運動部の世界へと入れたので、そう簡単に運動を辞めない、諦めない人生にしたいです。

 

長い文章にお付き合いいただき、ありがとうございました。つくトラの皆さんは、関カレでお会いしましょう。みんな、頑張ってね。いつも応援しています。

 

 

おまけ

彩の国前日の積み込みで、2週間ぶりにつくトラ部員たちに会いました。つくトラ女子のみんなは、会うの久しぶりなのに前髪切った?めっちゃ可愛い似合ってるー!とか気付いてくれるしたくさん褒めてくれるしで、超絶ハッピーでした。私に足りないのはつくトラだよー、、、下田でもがんばるからあれくらい素晴らしくて居心地の良いコミュニティの人々に、日々触れていたいよー、、、

つくトラの良さを再認識したのでした。

ダメです

こんばんは

1日ぶりの更新です

やるやる言ってできてないのが嫌であーーーってなってました、

 

今日わたしは少しでも進捗を生んだんだ、と言い聞かせるために書きます

 

今日やったこと

朝:4時半に起きる、ストレッチと軽い筋トレをする、書類について調べる

午前中:インジェクションの為のprotaine sulfate コート、キートセラス分注、年金やる、バイト用の書類をつくる、opsyn3.2とバフンウニの幼生の解像度をあげる

午後:バイト先に電話する、プライマーの注文方法を習う(色々あるので整理がてら後で書きます)、市役所に行く、バイト先に行く、郵便局に行く、図書館の本を返す、コンビニでpaypayとsuicaのチャージをする、スーパーで買い物をする、電気泳動のゲル精製を習う

 

んーーーー、とてもミドル前のひとの1日とは思えない。ぎんがにお願いして撤収は私が走り終わるの待ってもらうことになってるけど、完走だいぶ怪しい。朝OWSして、夕方LSDする予定はどこへ。不規則な研究室でのスケジュールを言い訳にしてはいけません。朝、波浪注意報が出ていて泳げないなら強風に負けずに走ればよかったのに、しなかったのは私です。夕方は、致し方無いところあったけど、、、時間を確保するのが難しいことはわかっていたのに、、、、

今いくら後悔したって何にもならんので、明日につなげるしかないです。

 

プライマーについて

・もしかしたら私の卒研になるかもしれない、ある遺伝子のin situ×3種類?を来週からやる

・そのためにはプローブを作るところから自分でやらなければならない(in situでは、hybridizationの際にプローブを使用。プローブが無いと始まらない)

・プローブに辿り着くためには、まず遺伝子の配列を調べ、IDTでプライマーを注文し、PCRをかけ、そのあとにようやくプローブを作れる

※遺伝子の配列の調べ方とデザイン:

1.HpBaseで目的の遺伝子の配列を調べたらUGENEで開始コドン、終止コドンの位置を予測

2.①開始コドン後30bpの配列②終止コドンより前の30bpの相補的なやつ(Oligo Calculatorを使用)を、それぞれコピペ

3.それらに規定の配列15bpをつなげる(in fusionという反応?をさせるため)ことでプライマーの配列をデザインする

 

これらのことを実演してもらい、実際にプライマーの注文がされたので来週から、プローブ作りとin situが始まります。injectionも習いたい、練習したいと言ってしまったのでそれもあります。今日protamine sulfateコートしてしまったので尚更。卵を1列に並べるのはちょっとできるようになりました。明日の午前中は人数の関係でウニの採卵・採精をひとりで行わなければならないかもしれません。午後は今日べつで習った電気泳動のゲル精製で得たDNAの何かを注文?するための操作があります。夜はサークル関連のミーティングです。

こうやって書いてみるとがんばっているようにも見えます。すこしだけ元気が出ました。でもやるべきことはまだまだたくさんあります。

・かてきょバイトの教材を調べる、考える

・かてきょの確定申告とか税金関連をしらべる

・ミドルの為に少しでもあがく

・opsynについてもっと知る、opsyn3.2だけじゃなくてopsyn2のこと、あと来週から調べる遺伝子の働き、そもそもの発生での神経系の作りを知る

・ウニや解析された画像の”正しい”状態を知ること、観察したときに何がなんだかわからない状態を抜け出すこと

・全ての操作に慣れるために何回も繰り返し行う、毎日ちょこちょこでいいから継続する

・長期的な計画と目標をたてる

・自分が今やっている操作の意味、しくみ?を理解すること

・かてきょのために英語を勉強する/英語に触れる時間を増やす

 

あたまごちゃごちゃ、時間足りない!先輩方や同期はみんなこれを乗り越えているのか。凄すぎる。うちのラボはゼミ無いから読まなきゃいけない論文も作らなきゃいけない資料も無いというのに。あ、今日やったことにも書きましたがバイト(居酒屋)先に書類を提出したので、ちゃんとしたバイト生になりました(今までは面接受かっただけの人だった)。本当にやっていけるのか?たぶん、多分だけどこの先にあるのは成功か破滅のどちらか。私がちゃんと私のキャパを全部使える状態にして、全てのことに気を配りながら、計画してちゃんとフィードバックを得て次につなげて、やるべきことを1つもこぼさずにこなしていければ、この生活に慣れることができれば、最強マルチタスク人間になれるでしょう。それか、全てが中途半端で多方面に迷惑をかけて沈むか。沈みたくないよ。あ、書き忘れたけど院試の勉強したり院試解いたりもしなきゃじゃん。がんばれトライアスリート!(もはや自分のことをトライアスリートとも呼べない。)

こんなかんじで、あーーーーと思っているくせに時間だけが過ぎるし改善が見られない自分が嫌になって昨日はふて寝してしまいました。結果、早寝早起きが実現できたから良いでしょう。成功とはいえないけど、0.0001歩だけ進んだこの功績を無駄にできるほどの猶予はもう残されていない、とっくに後ろは崖なので、なんとしてでも明日につなげます。今日も、22時半までに寝る。4時半に起きる。どうせ、土曜日は4時に起きなきゃいけなくて、日曜は3時過ぎに起きることが確定している。やるだけですね。それが超絶難しいのですが。とりあえず、吐き出したいことは吐き出せたので、ご飯食べて寝ます。

いつもこんなぐちゃぐちゃな文章を読んでくれているみんな、ありがとう。

 

追記

わたしの夜ご飯は100匹を超える数のアリによって食べられていました。アリにごはん取られるってなんだよ。わたしの500円返せよ。腹減って目が冴えています。でもあんな光景をみてしまって、食欲はありません。今度から、食堂のひとにご飯は冷蔵庫に入れてもらうようお願いしようと思います。私が何したって言うんだ?

らぼ、反省

こんばんは。

今日はなんだかすごく久しぶりに、ラボに行きました。最近、学生部屋にいることが多くて、あまりラボで手を動かせていませんでした。

といっても、今日やったのは、受精(未遂)だけです。また新たにin situをやろうとしていて、そのために新たに受精卵を用意してDAPTとかで処理しなければなりません。先週、DAPT処理の時間を勘違いしていて失敗したので、今日とれた卵を使って受精させようとしたのですが、うまくいきませんでした。今日の卵は採るのに苦労していたし、形わるいよーと言われていたので仕方がないです。通常、ほぼ100%の確立で受精膜があがるのですが、今日は0%でした。受精卵の形がおかしいどころではなく、受精できていませんでした。木曜にリベンジしようと思います。

今日自分について思ったのは、まだぼんやりしているなーということでした。最近のブログで気を引き締めたいと書きましたが、まだまだ足りないようです。以下、今日の反省点を書きます。これは自分の為に書くので意味が分からなくても気にしないでほしいです。

・まだ操作に自信がないなら技術職員の方に付いて採卵・採精と受精を一緒にやって確認してから、一人で行うべき

・頼まれる前に聞く、どうしても必要な自分の作業が無い限り

・ルーティンを確立できていない、動くのが遅い、タスク管理でもっとできるようになるはず

・部屋ではどうせ動かないのでさっさと学生部屋に行く、そこにやるべきことを持っていく

・ベッド入ってから寝るまでが長い、ケータイ見る時間を決める

・目標はどこ、自分はどこにいるか

 

やりたいこと、やるべきこと、やらなくていいことがあるのに時間と気力の分配がへたくそです。バイトも始まるし、そのためにまた英語の勉強を少しでいいからやる必要があります。居酒屋はどうしましょう。このままだと平日夜かな。もっと時間が無くなります。院試にも手を付けなければ。論文読めてない。圧倒的に、知識が少ない。

眠いとか言っている場合ではありませんね。自分に甘すぎるかもしれません。

 

とりあえずメリハリをつけてちゃんと動きたいです。時間を決めればマシになるかなあ、、早寝からがんばる。今日の目標は、23時。

ご飯食べてきます。

つくトラ下田支部

こんばんは。

こちら、つくトラ下田支部です。

昨日から今日にかけて、つくばから下田支部へ、派遣された部員が約1名来ました。

下田支部では、2日間どちらもOWSを行いました。卓球したり歩いたりもしたので、2部練とか3部練とかになりました。楽しかったです。実は私、来週末にミドルを控えているので、一緒に泳いだりしてくれるのはとても助かりました。

 

昨日朝、下田駅まで迎えに行き、朝昼ごはんを食べて、水族館に行きました。

下田海中水族館はジョグコースの途中にあるのですが、1人で入るのもなあと思ってずっと入ってなくて気になっていた場所でした。

水族館っていいですね、わたしはまだ5種類くらいしか水族館に行ったことがないのですが、どれも違った良さがあって好きです。下田の水族館は、古くて人が少ないながらも色んなショーや特集をやっていて、都会や栄えた場所のものとは違った良さがありました。田舎の古い遊園地みたいな、ちょっとしたノスタルジーを感じていました。

水族館を出た後に、バイクの空気入れを見てもらいに寮に行きました。新しく買った空気入れを使っても全然空気が入らないし目盛りが上がらないので、わたしの使い方が悪いのか製品が悪いのかわからなくて、でも空気入れをつくばまで持ってくのは、、と思ってたところだったので非常に助かりました。本来、寮に外部の人を入れるのはダメなのですが、引っ越しの時も親が一時的に入ったりしたし、今回も、そう言う事情なら、一瞬ならいいよ、と先生からの許可をもらって入れました。下田臨海実験センターを案内しました。部屋から徒歩3分で浜に出られることを見せました。

わざわざ電車に5時間半も揺られてバイクを見てもらうのは申し訳なかったですが、嫌な顔ひとつせず承諾してくれて、優しさに涙しました。

それが終わった後は、チェックインしにホテルに行きました。前述の通り、寮に他人を泊めることができないので今回はホテルを取っていたのでした。ハルトラの時に皆で泊まったのと同じような宿です。朝夕のビュッフェと露天風呂つきの、伊藤園グループのホテルです。部屋からは海が見え、夜は船の光が揺れる様子が見えました。

派遣された部員の大きな目的の一つに、OWSがあったそうです。ということで、ホテルの目の前の浜を泳ぎました。私はウェットを付けてやっと入水できましたが、果敢にも彼はトライスーツ1枚で挑んでいました。トライスーツつくばから持ってきたのね。観光にも持ち歩くなんて、トライアスリートの鏡だね。よっぽど泳ぎたかったらしく、チェックイン後に部屋でうだうだしてたらはやく海いきたいと急かされました。可愛い。まるで少年のようです。

泳いで、部屋でシャワー浴びて、卓球をしに行きました。夜はビュッフェを食べました。たくさん歩き回って泳いで疲れたのでさっさと寝ました。

 

今日は朝起きて、朝食のビュッフェを食べに行きました。そして二度寝しました。昨日動いたせいでやっぱり眠かった。11時にチェックアウトして、本日のOWSの場所へと向かいました。何分くらい歩いたかな、私が変な道を選んだり寄り道?したりしたのでまあまあ歩いた気がする。初めて行く外浦というビーチはとても綺麗でした。水が冷たい&昨日のウェットが濡れたままだったので、私はずっと浜の方にいて、膝上まで水に入ったりしていました。満足に泳いでもらった後、坂を登ってバス停に行きました。なんだかすごく、夏でした。海を見下ろすバス停は年季が入って蜘蛛の巣がはったりしていて、緑に囲まれて、ジブリの世界に来たみたいでした。

バスに乗って駅の近くまで行き、ラーメン屋さんで昼食を食べました。あとは、駅の近くをのんびりと散策しました。あっという間に電車の時間が来て、見送って帰りました。

 

下田にいて、仲の良い人たちと離れているとどうしても、次会えるまでの時間潰し、消化試合みたいな考え方をしてしまう時がありますが、そうやって空白の時間をつくるのではなくもっと主体的に、その時間こそ自分のすごろくを進めようと思いました。そう言う意味で豊かな人生を送りたいです。いかに自分を楽しませられるか、がんばりどころです。

 

書きながら眠くなってしまい、途中からあからさまに薄い文章になっていてごめんなさい。今日もたくさん歩いたのでぐっすり眠れそうです。

明日からまた実験がんばります、おやすみなさい。

 

以上、下田支部からの中継でした。

ほたる

こんばんは。

最近あまり文章を書くモチベがなくて、今日の日記は吐き出されただけの文字列です。ごめんなさい。

 

きょうのできごと

ラボの先生ご一家と、蛍を見に行きました。その前に先生のご自宅に寄って、庭になっている果物をいただきました。道中、いのししを2回見ました。夕ご飯はラーメン屋さんに連れて行ってもらって、海老のラーメンを食べました。蛍は3時間おきにいっせいに発光するらしく、ピークとなる20時頃に、田んぼに囲まれた川のほとり?に行きました。

水面にうつる蛍と木々の間を揺らめく蛍、たくさんの蛍がいました。蛍を見に行ったのは、たぶん人生で初めてです。先生曰く、今日が今まだ見てきた中でも最高の蛍で、今後この量がこんなに光ってるのを間近で見ることはできないだろう、とのことでした。超ラッキー^_^

星と蛍の光とカエルの合唱、川のせせらぎ、なんだかとても心が浄化された気分です。下田に来てよかった。こういう、綺麗な景色を見るために生きているので。

先生とその奥さん、部活帰りのお子さんたちと6人で車を走らせて田舎の田圃道を歩き、蛍を捕まえたり追いかけたりしていると、存在しないはずの記憶が呼び起こされて懐かしく感じてしまいました。私の祖母が田舎に住んでいたわけでも、夏になると毎年遊びに行って自然の中をかけまわっていたわけでもありません。それでも謎に、小学生の夏休みに戻ったような気になりました。存在しないけど憧れだった夏です。欲しいけど手の届かなかった何かを取り戻した気持ちになりました。先生、ありがとう。

 

宿舎に戻ったらなんとなくふわふわした気持ちのまま、お絵描きしてしまいました。ジムに行くか部屋を片付けるかするはずが、、、。お絵描きしたかったなら仕方ないですよねきっと、いつでも描きたい気持ちになれるわけじなないし、、、🙃なんだかやりたいことって衝動的に発生するから、そのときだけ身体が何個か欲しくなります。お花を作る自分と、ジムに行く自分と、お絵描きする自分と、動画見る自分と…。そんなこと言ってても仕方ないので時間の使い方と自分の扱い方、上手くなります。

 

明日は、つくばから下田支部に約1名派遣が来ます。楽しみです。とても嬉しいです。

寝坊出来ないのでもう寝ます、おやすみなさい。